Nel 2002 Iuav organizza il concorso internazionale "newlogo Iuav" per il disegno del logo istituzionale dell'ateneo. Sono invitati a partecipare al concorso designer internazionalmente noti, specializzati nel campo della progettazione di identità visuali coordinate, marchi e logotipi. Aderiscono all’invito sette visual designer sui dieci selezionati. Agli invitati si chiede l'ideazione creativa e il disegno esecutivo, con esempi di applicazioni coordinate, del nuovo logotipo, destinato a essere adottato dallo Iuav quale elemento caratterizzante della propria identità visiva e della propria comunicazione istituzionale. 
La giuria, composta da Giovanni Anceschi, Enrico Camplani, Marino Folin, Bob Norda, Sergio Polano, Leonardo Sonnoli, Pierpaolo Vetta, sceglie il logotipo disegnato dal graphic designer francese Philippe Apeloig, presentato ufficialmente in aprile in occasione dell'inaugurazione della mostra “newlogo Iuav”. 

Piuttosto che inventare un simbolo astratto oppure una figura basata su motivi già esistenti, il progetto sviluppa un logotipo basato quasi interamente sulle quattro lettere I, U, A e V, disposte verticalmente, di design semplice ma riccamente connotato che mira a rappresentare passato, presente e futuro.

Dalla relazione del progettista:
«Il mio logo è un insieme non gerarchico di forme astratte e simboliche in pieno equilibrio. Volevo rendere palese una visione ottimistica del futuro dell’università e trasmetterne il senso storico, una visione in cui il logo allude al ruolo di continuità dell’Iuav Istituto Universitario di Architettura di Venezia, visto come luogo che genera conoscenza e come istituzione che adopera nuove metodologie, guidato da un tipo di filosofia olistica per la futura cultura progettuale.
I sobri elementi del logo combinati insieme, come le articolazioni correlate della nuova università, si equivalgono per dimensione e importanza ed hanno margini flessibili o aperti. 
Questo modello grafico e concettuale fornisce una metafora viva ed espressiva, adatta sia per lo sviluppo dell’università, sia per i suoi legami transculturali che per le tappe interdisciplinari, tutti segni distintivi dello spirito del XXI secolo».

Il nuovo logo va a sostituire lo storico “sigillo” con l’effigie del leone di San Marco, ridisegnato da Massimo Scolari, che per anni era stato il simbolo dello Iuav.

«Logo, stemma, sigillo: fin dai suoi inizi Iuav non ha fatto distinzioni di sorta. Logo – sigillo e stemma – dell’Istituto Universitario era costituito dall’immagine frontale, richiusa in campo circolare, del leone alato di san Marco reggente il vangelo aperto con la scritta “Pax tibi Marce Evangelista mei”. Non si trattava di un sigillo specifico, ma del sigillo di tutte le istituzioni veneziane (…). Ciò che distingueva la versione del nostro ateneo erano le due corone circolari recanti le diciture “Istituto Universitario di Architettura di Venezia” e “Firmitas, Utilitas, Venustas” parole queste che designano per Vitruvio la sostanza stessa dell’architettura (…). Con la attivazione di due nuove facoltà e la conseguente trasformazione del nostro ateneo da istituto Universitario a Università degli studi era giocoforza cambiare il vecchio sigillo, logo e stemma, per due motivi: perché non siamo più Istituto Universitario e perché la definizione vitruviana di architettura non è più sufficiente a rappresentare anche le altre due facoltà che oggi costituiscono il nostro Ateneo (…).
La scelta che abbiamo compiuto è stata quella di distinguere logo e sigillo, e di scegliere come logo il nostro marchio, cioè il nostro nome “Iuav” che non è più un acronimo ma un nome, il nostro nome, ciò che racchiude e identifica, nella loro molteplicità, le nostre diverse attività di studio e di ricerca. Logo, dunque, come logotipo. Il nostro sigillo resterà, con la sola modifica di “Istituto Universitario di Architettura di Venezia” in “Università Iuav di Venezia”, il vecchio leone alato.
Con questa scelta logotipo e sigillo rappresentano, insieme, ciò che noi oggi siamo e da dove veniamo».
(Marino Folin, Perché un logotipo, in “Newlogo Iuav. I progetti del concorso internazionale ad inviti”, Trieste 2003)

Dal novembre 2025 il logo istituzionale dell’Università Iuav di Venezia ha assunto una nuova configurazione, elaborata da un gruppo di lavoro coordinato dal prof Gianni Sinni, referente per i sistemi informativi di ateneo all'interno del mandato del rettore Benno Albrecht, che sostituisce tutte le versioni precedenti.