I Magazzini Ligabue nascono a seguito dell'attività di Anacleto Ligabue che si stabilisce a Venezia commerciando in formaggio reggiano, prodotto della terra in cui è nato.
Il porto di Venezia nei primi anni venti del secolo XX vede le prime navi a vapore in linea fissa e il Ligabue concepisce l'idea delle forniture alle navi, soprattutto alimentari, su scala industriale, interpretandone la funzione in modo più complessa, assumendo e continuando il servizio di vitto da fornire anche durante la navigazione.
Nasce così, prima volta nel mondo, "l'appalto navale".
Da qui la necessità di dotare il porto di Venezia di magazzini di deposito e stoccaggio per le derrate alimentari.
Nel 1929, dieci anni dopo aver iniziato, l'appalto navale è compiuto.

Il punto franco, così com'era chiamato il complesso dei "magazzini Ligabue", prevede diversi capannoni di carattere architettonico denominabile "pre-industriale" a mattoni a faccia vista come altri edifici di carattere industriale e/o manifatturiero dell'epoca presenti nella zona.
Gli edifici più grandi del complesso, denominati n. 4, 5, 6 e 7, restaurati a cura dell'isP, vedono attualmente sede di attività didattica universitaria.
In particolare il 7 ed il 6 sono sede di corsi dell'Università Iuav di Venezia.