Marko Pogacnik è professore ordinario all'Università Iuav di Venezia. Ha tenuto corsi di insegnamento presso le seguenti università:

Fachhochschule Potsdam (1998 DAAD Gastprofessur), Università di Trieste (supplenza 1999-2003),Technische Universität Graz (maggio 2000, teaching staff), Rheinisch-Westfälische Technische Universität Aachen (luglio 2000, teaching staff), Universität Dortmund (Vertretungsprofessur, 2005-2006), Universität Innsbruck (supplenza, 2009-2011). Ha tenuto conferenze presso la TU Berlin, TU München, ILEK Stuttgart, Universität angewandte Kunst Wien, Université Geneve, Accademia di Mendrisio.

Ha presieduto la commissione per il conferimento del Jurkovic Prize, Bratislava, settembre 2007. Ha tenuto la lectio magistralis in occasione dell'anniversario della nascita di Karl Friedrich Schinkel, Potsdam, 2008. Invitato dal National Museum of Contemporary Art di Seoul ha partecipato alla giuria del concorso per il nuovo MoCA Seoul, gennaio 2010.

Responsabile dell’unità di ricerca di Venezia nel Programma di Ricerca Nazionale (PRIN, coord. nazionale prof. Carlo Olmo) sul tema “Atlante delle figure strutturali nell’architettura italiana degli anni 50 e 60”. 

Curatore della mostra "Adolf Loos und Wien", Vienna, 2011-2012. Ha pubblicato opere monografiche su Adolf Loos e Karl Friedrich Schinkel e curato pubblicazioni su Adalberto Libera e Hans Sedlmayr.

Ha pubblicato saggi sull'opera di Scarpa, Mies van der Rohe, Le Corbusier, Sitte, Th. Fischer, Ledoux, Fr. Gilly e Semper.